果たしてこんなことを書いて読む人がいるのかどうかは分かりませんが、ちょっとメモ程度に書いておきます。

AccessからWebアプリに切り替えたいと思っているけど、そんなに予算がない人向けです。

まず、Accessのデータをきれいにしましょう。
Accessでアプリケーションを作っている人はたいてい、テーブル名は日本語だし、データはテキスト型と、かなりいい加減に作っているものです。
これをきれいにしてあげないとWebアプリケーションにはなりませんので、がんばりましょう。

それから、数値や通貨と言えるデータは型を変えておきます。
テキストフィールドの長さも適切なものに設定しましょう。特に分類コードが2桁なのに255文字とっているとか、ありがちな罠につい引き込まれたりしないようにしましょう。
そのほか、やるべきことはありすぎるので、改めてマイグレーションについて書いてみようかと思います。

さて、データがきれいなったところで、データを移行します。
これには、
http://www.mysql.com/downloads/workbench/
にあるMySQL Workbenchを使うといいでしょう。
この中にマイグレーションツールというのがあって、Accessで作ったデータを転送することができます。

ただし、単純に使おうとするとサーバ側のポートが開いていませんので、SSH転送(ポートフォワード)を使います。
僕は普段、TeraTermを使っているので、TeraTermでログインしてSSH転送して使っています。
これは、お好きなものを使うとよいでしょう。
#あわてて「ファイヤーウォールをあけてくれ！」なんてお名前.comに怒鳴りこまないように。

さて、実際に使うと、長期間運用していたデータならば、テーブルが大きすぎて転送に失敗する場合があります。(エラーログを確認のこと)

その場合は、/etc/my.cnfに、
max_allowed_packet=16MB
と書いてサーバを再起動します。

そうすれば、16MBまでのテーブルなら転送できるようになります。
それ以上必要な場合は、がんばって分割してください。

この設定はすべてのコネクションに適用されるので、必要がなくなったら削除しておきましょう。
デフォルトは1MBだそうです。

こんなかんじですが、いかがでしたでしょうか？
役に立つ人がいればよいですが、、、